Nel 1783 il monastero venne soppresso e utilizzato come magazzino militare e poi sede del Tribunale di Giustizia.
Con la Restaurazione l’immobile divenne sede dell’Educandato delle Fanciulle, affidando la trasformazione dell’edificio a Domenico Marchelli che ne uniformò il prospetto sulla via Emilia in stile neoclassico, inserendolo nel ben più vasto progetto di abbattimento dei portici della via Emilia. L’ingresso al complesso monastico, originariamente sul sagrato della chiesa, venne collocato sulla via principale separando definitivamente chiesa e monastero. Subito dopo l’Unità d’Italia l’edificio venne trasformato in caserma militare, vennero tamponate le arcate del chiostro piccolo e vennero costruiti una serie di casamenti nell’area un tempo destinata ad orti.

Il recente restauro ha cercato di riportare il complesso alla sua foggia originale. Oggi i chiostri ospitano mostre ed eventi culturali ed il Laboratorio Aperto, un luogo di partecipazione e confronto, innovazione sociale e digitale.